Большинство плановых позиций пятилетней Госпрограммы развития высшего образования, которая завершилась в 2015 году, министерство и вузы обеспечили, но некоторые показатели и мероприятия остались невыполненными. Необходимо усовершенствовать планирование подготовки кадров, научно-исследовательской деятельности вузов, формирование университетов как центров научно-инновационной деятельности.
Не улучшили ситуацию и меры по омоложению профессорско-преподавательского состава.
Требует более пристального внимания вопрос эффективного использования денежных средств. Согласно проверке, вузы не всегда соблюдали порядок организации образовательной деятельности, формирования штатного расписания. Были нарушения при использовании бюджетных средств, проведении госзакупок, сдаче в аренду и отчуждении имущества, учебные группы формировались и функционировали с наполняемостью ниже нормы, ежегодно отчислялось значительное количество студентов. Все это, считают в КГК, говорит о необходимости более жесткого контроля за использованием финансирования.
Всего проверки выявили незаконное получение из бюджета 2,02 млрд рублей, нецелевое использование 292,2 млн и использование 172,9 млн с нарушением законодательства, а также неэффективное использование 3,59 млрд рублей средств бюджета.